После Российской революции 1905 года В. А. Обручев состоял в Конституционно-демократической партии, возглавляя её Томский комитет. В смутные годы начала ХХ века В. Обручев под псевдонимом «Ш. Ерш» («шерш» – по-французски «ищи») в местной газете начал публиковать дерзкие фельетоны и статьи, направленные против тогдашнего руководства Томска и Технологического института. Этот факт стал известен, что явилось одной из причин увольнения Обручева из института и его последующего переезда в Москву. 

Имя выдающегося ученого, принимавшего участие, в том числе, в проектировании Транссибирской железной дороги, одного из первых лауреатов Ленинской премии, кавалера пяти орденов Ленина, дважды лауреата Государственной премии, Героя Социалистического Труда В. А. Обручева присвоено геологоразведочному факультету Томского политехнического университета. На здании «горного» корпуса, где он работал и в проектировании которого принимал непосредственное участие, установлена мемориальная доска, в актовом зале главного корпуса – бронзовый бюст и портрет академика.

С 1988 года Научно-техническая библиотека Национального исследовательского Томского политехнического университета носит имя академика В. А. Обручева. За время своего пребывания в Томском технологическом институте (1901-1912) декан горного отделения профессор Владимир Афанасьевич Обручев дважды избирался председателем библиотечной комиссии, по его ходатайству в 1903 году была открыта также студенческая библиотека.

В 2001 году в первом (горном) корпусе Томского политехнического университета был открыт Мемориальный кабинет академиков-геологов В. А. Обручева и М. А. Усова. Авторами воссоздана обстановка кабинета-библиотеки выдающегося геолога, профессора Владимира Обручева, в том числе мебель, изготовленная в Томске по его заказу, библиотека по геологии и географии на разных языках, труды ученого, экспедиционные предметы, картотека, составленная профессором, инвентарная книга кабинета, написанная его рукой.

10 октября 2013 года здесь состоялось специальное почтовое гашение, приуроченное к 150-летнему юбилею Владимира Обручева. Художественный штемпель действовал всего один день, в течение которого в кабинет, где около века назад работал первый декан горного отделения Томского технологического института, стекались желающие получить на память уникальный оттиск с портретом знаменитого ученого. Чтобы пополнить свои коллекции в этот день в Томск приехали даже филателисты из других городов России. Специально для этого события были выпущены особые почтовые карточки и конверты. Первые открытки были погашены для внучек знаменитого ученого Татьяны и Натальи Обручевых.

5 сентября 2010 г. в начале «Аллеи Геологов», идущей вдоль проспекта Кирова от «горного» корпуса ТПУ, установлен памятник основателю Сибирской горно-геологической школы, первому штатному геологу Сибири академику Владимиру Афанасьевичу Обручеву. «Он очень любил Томск и очень любил Политехнический институт,… вложил в это место всю свою душу, без остатка. И, несмотря на то, что его вынудили покинуть стены ТПИ, он до конца жизни вспоминал с большой теплотой это место», – сказала на открытии памятника академику на «Аллее Геологов» почётный гость мероприятия внучка профессора Обручева Наталья Владимировна.

Именем академика В. А. Обручева в Томске названы переулок и новая улица в одном из современных микрорайонов города.